- Код статьи
- S3034510325120054-1
- DOI
- 10.7868/S3034510325120054
- Тип публикации
- Статья
- Статус публикации
- Опубликовано
- Авторы
- Том/ Выпуск
- Том 61 / Номер выпуска 12
- Страницы
- 54-62
- Аннотация
- Разработана ПЦР-система для амплификации полного митохондриального генома сибирского осетра (), позволяющая получить шесть перекрывающихся ампликонов для выполнения секвенирования методом NGS. Проведено секвенирование ДНК 24-х представителей аквакультурного сибирского осетра ленского происхождения. Подтверждены данные о крайне низком разнообразии мтДНК у ленского осетра, разводимого в условиях аквакультуры. У всех секвенированных образцов обнаружены участки гетероплазмии.
- Ключевые слова
- сибирский осетр () митохондриальная ДНК полиморфизм аквакультура гетероплазмия NGS-секвенирование
- Дата публикации
- 17.06.2025
- Год выхода
- 2025
- Всего подписок
- 0
- Всего просмотров
- 18
Библиография
- 1. Рубан Г.И. Адаптивные эколого-морфологические особенности сибирского осетра (Acipenser baerii Brandt) // Биология внутренних вод. 2019. № 2–1. С. 71–78. https://doi.org/10.1134/S032096521902013X
- 2. Malyutin V.S. On the history of fish husbandry of Siberian sturgeon Acipenser baerii from the Lena river for acclimatization and commercial cultivation // J. Ichthyology. 2009. V. 49. № 5. P. 376–382. https://doi.org/10.1134/S0032945209050038
- 3. Рубан Г.И. Сибирский осетр Acipenser baerii Brandt: структура вида и экология // Ин-т проблем экол. и эвол. им. А.Н. Северцова РАН. М.: Изд-во ГЕОС, 1999. 236 с.
- 4. Электронный ресурс: http://aquacultura.org/science/genetic-research/
- 5. Greaves L.C., Reeve A.K., Taylor et al. Mitochondrial DNA and disease // Journal of Pathology. 2012. V. 226. № 2. P. 274–286. https://doi.org/10.1002/path.3028
- 6. Moritz C., Dowling T.E., Brown W.M. Evolution of ani-mal mitochondrial DNA: Relevance for population biology and systematic // Annual Rev. Ecol., Evol., and Systematics. 1987. V. 18. P. 269–292.
- 7. Liu J., Tan C., Xiao K. et al. The complete mitochondrial genome of Dabry's sturgeon (Acipenser dabryanus) // Mitochondrial DNA B Resour. 2017. V. 2. № 1. P. 54–55. https://doi.org/10.1080/23802359.2017.1280698
- 8. Nedoluzhko A.V., Sharko F.S., Tsygankova S.V. et al. Molecular phylogeny of one extinct and two critically endangered Central Asian sturgeon species (genus Pseudoscaphirhynchus) based on their mitochondrial genomes // Scientific Report. 2020. V. 10. № 722. https://doi.org/10.1038/s41598-020-57581-y
- 9. Ludwig А., Belfiore N.M., Pitrа C. et al. Genome duplicаtion events аnd functionаl reduction of ploidy levels in sturgeon (Аcipenser, Huso аnd Scаphirhynchus) // Genetics. 2001. V. 158. P. 1203–1215.
- 10. Мюге Н.С., Барминцева А.Е., Расторгуев С.М. и др. Полиморфизм контрольной области митохондриальной ДНК у восьми видов осетровых и разработка системы идентификации видов на основе ДНК // Генетика. 2008. Т. 44. С. 913–919. https://doi.org/10.1134/S1022795408070065
- 11. Jenneckens I., Meyer J.N., Debus L. et al. Evidence of mitochondrial DNA clones of Siberian sturgeon, Acipenser baerii, within Russian sturgeon, Acipenser gueldenstaedtii, caught in the River Volga // Ecology Letters. 2000. V. 3. P. 503–508. https://doi.org/10.1046/j.1461-0248.2000.00179.x
- 12. Dadkhah K., Mianji G.R., Barzegar A. et al. Characterization of the mitochondrial Huso huso genome and new aspects of its organization in the presence of tandem repeats in 12S rRNA // BMC Ecology and Evolution. 2023. V. 23. № 55. https://doi.org/10.1186/s12862-023-02166-2
- 13. Hu Q., Pan Y., Xia H. et al. Species Identification of Caviar Based on Multiple DNA Barcoding // Molecules. 2023. V. 28. № 13. https://doi.org/10.3390/molecules28135046
- 14. Chen X.W., Jiang S., Shi Z.Y. et al. Mitochondrial genome of the Siberian sturgeon Acipenser baerii // Mitochondrial DNA. 2012. V. 23. № 2. P. 120–122. https://doi.org/10.3109/19401736.2011.653804
- 15. Andrews S. FastQC: A quality control tool for high throughput sequence data. 2010. Available online t: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc
- 16. Ewels P., Magnusson M., Lundin S. et al. MultiQC: Summarize analysis results for multiple tools and samples in a single report // Bioinformatics. 2016. V. 32. № 19. P. 3047–3048. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw354
- 17. Li H. Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM // Genomics. 2013. https://doi.org/10.48550/arXiv.1303.3997
- 18. Danecek P., Bonfield J.K., Liddle J. et al. Twelve years of SAMtools and BCFtools // GigaScience. 2021. V. 10. № 12. https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008
- 19. Li H. A statistical framework for SNP calling, mutation discovery, association mapping and population genetical parameter estimation from sequencing data // Bioinformatics. 2011. V. 27. № 21. P. 2987–2993.
- 20. Li H. Tabix: Fast retrieval of sequence features from generic TAB-delimited files // Bioinformatics. 2011. V. 27. P. 718–719. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq671
- 21. Thorvaldsdottir H., Robinson J., Mesirov J. Integrative genomics viewer (Igv): High-performance genomics data visualization and exploration // Briefings in Bioinformatics. 2012. V. 14. № 3. P. 178–192. https://doi.org/10.1093/bib/bbs017
- 22. Барминцева А.Е., Мюге Н.С. Генетический полиморфизм сибирского осетра Acipenser baerii Brandt, 1869 в аквакультуре // Генетика. 2018. Т. 54. № 2. С. 216–223.
- 23. Барминцева А.Е., Мюге Н.С. Природный генетический полиморфизм и филогеография сибирского осетра Acipenser baerii Brandt, 1869 // Генетика. 2017. Т. 53. № 3. С. 345–355.
- 24. Ludwig A., May B., Debus L. et al. Heteroplasmy in the mtDNA control region of sturgeon (Acipenser, Huso and Scaphirhynchus) // Genetics. 2000. V. 156. № 4. P. 1933–1947. https://doi.org/10.1093/genetics/156.4.1933
- 25. Водолажский Д.И. Гипервариабельность региона D-петли митохондриальной ДНК русского осетра Acipenser gueldenstaedtii (Acipenseriformes, Acipenseridae) // Вопросы ихтиологии. 2008. Т. 48. № 2. С. 266–275.
- 26. Корниенко И.В., Чеботарев Д.А., Махоткин М.А. и др. Терминация репликации и механизмы гетероплазмии митохондриальных ДНК у осетровых рыб // Молекулярная биология. 2019. Т. 53. № 1. С. 53–63. https://doi.org/10.1134/S0026898419010063