Везде

ОБНГенетика Russian Journal of Genetics

  • ISSN (Print) 0016-6758
  • ISSN (Online) 3034-5103

ГЕНЕТИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ МУЗЕЙНОГО АНТРОПОЛОГИЧЕСКОГО ОБРАЗЦА ИЗ ГОРОДСКОГО ЗАХОРОНЕНИЯ СТАРОЙ РЯЗАНИ XI-XIII ВЕКОВ

Вы можете
Код статьи
S30345103S0016675825060062-1
DOI
10.7868/S3034510325060062
Тип публикации
Статья
Статус публикации
Опубликовано
Авторы
Сошкина А. Д.
  • Аффилиация: Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук
Андреева Т. В.
  • Аффилиация:
    Научный центр генетики и наук о жизни, Университет «Сириус», федеральная территория «Сириус»
    Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук
    Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Кунижева С. С.
  • Аффилиация:
    Научный центр генетики и наук о жизни, Университет «Сириус», федеральная территория «Сириус»
    Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук
Адрианова И. Ю.
  • Аффилиация: Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук
Малярчук А. Б.
  • Аффилиация:
    Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук
    Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Манахов П. Д.
  • Аффилиация: Научно-исследовательский институт и музей антропологии им. Д.Н. Анучина, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Бужилова А. П.
  • Аффилиация: Научно-исследовательский институт и музей антропологии им. Д.Н. Анучина, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Стрикалов И. Ю.
  • Аффилиация: Институт археологии Российской академии наук
Рогаев Е. И.
  • Аффилиация:
    Научный центр генетики и наук о жизни, Университет «Сириус», федеральная территория «Сириус»
    Медицинская школа Чан Массачусетского университета, департамент психиатрии
Том/ Выпуск
Том 61 / Номер выпуска 6
Страницы
70-81
Аннотация
Старая Рязань занимает особое место в истории древнерусских городов, так как город был разрушен войсками хана Батыя в декабре 1237 г., после чего пришел в упадок и в XIV в. окончательно заброшен. Новый город был построен в другом месте. Исследования населения Старой Рязани с опорой на антропологические музейные коллекции, которые начали формироваться уже при первых раскопках этого памятника, позволяют оценить генетическую структуру городской популяции преимущественно домонгольского периода. В статье представлены результаты анализа одного образца из материалов, полученных в ходе раскопок А.В. Селиванова, который начал свое исследование в конце XIX в. Результаты антропологического и полногеномного анализов показали, что исследуемый образец принадлежал женщине. Реконструкция и анализ полной последовательности митохондриальной ДНК (мтДНК) показали ее принадлежность к западноевропейской гаплогруппе HV4a1a. Это первая находка данной митохондриальной гаплогруппы у средневекового населения Древней Руси. Обнаруженная материнская линия мтДНК в настоящее время является редкой и преимущественно распространена среди европейского населения Франко-Кантабрийского региона (территория севера Испании и юга Франции). Ближайшие совпадения по полной последовательности мтДНК (различие в одну нуклеотидную позицию) с исследуемым образцом были выявлены у современных представителей басков и одного индивида из Дании. Полученные результаты могут свидетельствовать о западноевропейском происхождении по материнской линии исследуемой женщины из средневековой Старой Рязани. Наше исследование является примером использования современных геномных методов для реконструкции индивидуальной истории людей, антропологические материалы которых представлены в музейных коллекциях. Кроме того, полученные результаты открывают новую информацию об особенностях формирования генетической структуры городского населения Древней Руси.
Ключевые слова
Древняя Русь Старая Рязань древняя ДНК митохондриальная ДНК гаплогруппа HV4a1a полногеномный анализ
Дата публикации
07.12.2024
Год выхода
2024
Всего подписок
0
Всего просмотров
149

Библиография

  1. 1. Монгайт А.Л. Старая Рязань // Матер. и исследования по археологии СССР. № 49. Матер. и исследования по археологии древнерусских городов. Т. IV. М.: Изд-во АН СССР, 1955. 228 с.
  2. 2. Даркевич В.П., Борисевич Г.В. Древняя столица Рязанской земли: XI-XIII вв. М.: Кругъ, 1995. 448 с.
  3. 3. Селиванов А.В. О раскопках в старой Рязани и в Ново-Ольговском городке. Рязань, 1890. 6 с.
  4. 4. Андреева Т.В., Добровольская М.В., Седов Вл.В. и др. Люди из каменного саркофага № 11 Юрьева монастыря: генетическая история на основе митохондриальных геномов // КСИА. 2023. № 270. С. 418-437.
  5. 5. Андреева Т.В., Малярчук А.Б., Григоренко А.П. и др. Археогенетический анализ индивида из захоронения с территории древнего Ярославского Кремля // КСИА. 2021. Вып. 265. С. 294-308.
  6. 6. Andreeva T.V., Manakhov A.D., Gusev F.E. et al. Genomic analysis of a novel neanderthal from Mezmaiskaya Cave provides insights into the genetic relationships of Middle Palaeolithic populations // Sci. Reports. 2022. V. 12. P. 3016. https://doi.org/10.1038/s41598-022-16164-9
  7. 7. Gansauge M.T., Gerber T., Glocke I. et al. Single-sranded DNA library peparation from highly degraded DNA uing T4 DNA ligase // Nucl. Acids Res. 2017. V. 45. I. 10. P. e79. https://doi.org/10.1093/nar/gkx033
  8. 8. Schubert M., Lindgreen S., Orlando L. AdapterRemoval v2: Rapid adapter trimming, identification, and read merging // BMC Res. Notes. 2016. V. 12. № 9. P. 88. https://doi.org/10.1186/s13104-016-1900-2
  9. 9. Li H., Durbin R. Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform // Bioinformatics. 2009. V. 25. № 14. P. 1754-1760. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324
  10. 10. Jónsson H., Ginolhac A., Schubert M. et al. MapDamage 2.0: Fast approximate Bayesian estimates of ancient DNA damage parameters // Bioinformatics. 2013. V. 29. № 13. P. 1682-1684. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt193
  11. 11. Anastasiadou K., Silva M., Booth T. et al. Detection of chromosomal aneuploidy in ancient genomes // Com-mun Biol. 2024. V. 7. № 1. P. 14. https://doi.org/10.1038/s42003-023-05642-z
  12. 12. Weissensteiner H., Pacher D., Kloss-Brandstätter A. et al. HaploGrep 2: mitochondrial haplogroup classification in the era of high-throughput sequencing // Nucl. Acids Res. 2016. V. 44. P. 58-63. https://doi.org/10.1093/nar/gkw233
  13. 13. GenBank [Электронный ресурс]. URL: www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank // (дата обращения: 15.05.2024).
  14. 14. BLAST [Электронный ресурс]. URL: https://blast. ncbi. nlm.nih.gov (дата обращения: 15.05.2024).
  15. 15. AmtDB [Электронный ресурс]. URL: AmtDB | About (дата обращения: 15.05.2024).
  16. 16. YFull-MTree 1.02 [Электронный ресурс]. URL: https://www.yfull.com/mtree/ (дата обращения: 15.05.2024).
  17. 17. Mallick S., Micco A., Mah M. et al. The allen ancient DNA resource (AADR) a curated compendium of ancient human genomes // Scientific Data. 2024. V. 11. № 1. P. 182. http://doi.org/10.1038/s41597-024-03031-7 URL:
  18. 18. Eltsov.org [Электронный ресурс]. URL: http://eltsov.org (дата обращения: 15.05.2023).
  19. 19. Takahashi K., Nei M. Efficiencies of fast algorithms of phylogenetic inference under the criteria of maximum parsimony, minimum evolution, and maximum likelihood when a large number of sequences are used // Mol. Biol. Evol. 2000. V. 17. № 8. P. 1251-1258. http://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev. a026408
  20. 20. http://www.phylotree.org (дата обращения: 15.05.2024).
  21. 21. Robinson J.T., Thorvaldsdóttir H., Winckler W. et al.Integrative Genomics Viewer // Nat. Biotechnol. 2011. V. 29. № 1. P. 24-26. http://doi.org/10.1038/nbt.1754
  22. 22. GnomAD v 4.1.0 [Электронный ресурс]. URL: https://gnomad.broadinstitute.org (дата обращения: 15.05.2024).
  23. 23. Soares P., Ermini L, Thomson N. et al. Correcting for purifying selection: An improved human mitochondrial molecular clock // Am. J. Hum. Genet. 2009. V. 84. P. 740-759. http://doi.org/10.1016/j.ajhg.2009.05.001
  24. 24. De Fanti S., Barbieri C., Sarno S. et al. Fine dissection of human mitochondrial DNA haplogroup HV lineages reveals paleolithic signatures from European glacial refugia // PLoS One. 2015. V. 10. № 12. http://doi.org/10.1371/journal.pone.0144391
  25. 25. Gómez-Carballa A., Olivieri A., Behar D.M. et al. Genetic continuity in the Franco-Cantabrian region: New clues from autochthonous mitogenomes // PLoS One. 2012. V. 7. № 3. http://doi.org/10.1371/journal.pone.0032851
  26. 26. Cardoso S., Valverde L., Alfonso-Sánchez M.A. et al. The expanded mtDNA phylogeny of the Franco-Cantabrian region upholds the pre-neolithic genetic substrate of Basques // PLoS One. 2013. V. 8. № 7. http://doi.org/10.1371/journal.pone.0067835
  27. 27. García O., Fregel R., Larruga J. et al. Using mitochondrial DNA to test the hypothesis of a European post-glacial human recolonization from the Franco-Cantabrian refuge // Heredity. 2011. V. 106. P. 37-45. http://doi.org/10.1038/hdy.2010.47
  28. 28. García Ó., Alonso S., Huber N. et al. Forensically relevant phylogeographic evaluation of mitogenome variation in the Basque Country. // Forensic Sci.Int. Genet. 2020. V. 46. http://doi.org/10.1016/j.fsigen.2020.102260
  29. 29. Cardoso S., Valverde L., Alfonso-Sánchez M.A. et al. The expanded mtDNA phylogeny of the Franco-Cantabrian region upholds the pre-neolithic genetic substrate of Basques // PLoS One. 2013. V. 8. № 7. http://doi.org/10.1371/journal.pone.0067835.
  30. 30. Olalde I., Brace S., Allentoft M. et al. The Beaker phenomenon and the genomic transformation of northwest Europe // Nature. 2018. V. 555. P. 190-196. http://doi.org/10.1038/nature25738
  31. 31. Gnecchi-Ruscone G.A., Szécsényi-Nagy A., Koncz I. et al. Ancient genomes reveal origin and rapid trans-Eurasian migration of 7th century Avar elites // Cell. 2022. V. 185. № 8. P. 1402-1413. http://doi.org/10.1016/j.cell.2022.03.007
  32. 32. Lazaridis I., Alpaslan-Roodenberg S., Acar A. et al. The genetic history of the Southern Arc: A bridge between West Asia and Europe // Science. 2022. V. 377. http://doi.org/10.1126/science.abm4247
  33. 33. Лихачев Д.С. Великое наследие // Избр. работы в трех томах. Том 2. Л.: Худож. лит.-ра, 1987. С. 154-227.
QR
Перевести

Индексирование

Scopus

Scopus

Scopus

Crossref

Scopus

Высшая аттестационная комиссия

При Министерстве образования и науки Российской Федерации

Scopus

Научная электронная библиотека