Сравнительный анализ кишечных метагеномов пациентов с депрессией по сигнатурным генам Faecalibacterium prausnitzii на штаммовом уровне

Номер выпуска 2 от 01.02.2025

С использованием двух различных методических подходов, биоинформатического и количественного ПЦР-анализа, был проведен сравнительный анализ кишечных метагеномов пациентов с депрессией и здоровых добровольцев по представленности сигнатурных бактериальных генов, кодирующих ключевые ферменты для продукции метаболитов, биомаркерных для депрессии, комплементарных генам из геномов комменсальной бактерии Faecalibacterium prausnitzii. С использованием in silico подхода была выявлена штаммовая специфичность этих биомаркерных генов, проведена их кластеризация на группы и исследовано распространение представителей различных групп в 36 метагеномах пациентов с депрессией и 38 здоровых добровольцев. К ряду генов из наиболее распространенных групп были подобраны праймеры, с использованием которых был проведен количественный ПЦР-анализ 15 метагеномов от пациентов с депрессией и 15 метагеномов от здоровых добровольцев. Сравнительный анализ полученных данных выявил статистически значимое снижение уровня представленности генов, кодирующих глутаматсинтазу GltB, аспарагинсинтетазу AsnA, серин-гидроксиметилтрансферазу в кишечных метагеномах пациентов с депрессией. На основе полученных данных можно рекомендовать эти гены как биомаркеры для разработки тест-систем для диагностики клинической депрессии по кишечному микробиому.

27 0

Протеомный анализ штамма <i>Levilactobacillus brevis</i> 47f в условиях окислительного стресса

Номер выпуска 3 от 01.03.2025

Окислительный стресс клетки – дисбаланс между активными формами кислорода и способностью инактивировать оксиданты и восстанавливать поврежденные молекулы. Окислительный стресс вовлечен в патогенез многих заболеваний человека. Лактобациллы, являясь постоянными компонентами кишечной микробиоты человека, способны снижать проявления окислительного стресса у макроорганизма и используются в качестве фармабиотиков при лечении вызываемых им заболеваний. Штамм Levilactobacillus brevis 47f выделен из кишечника человека, исследован в опытах in vitro и in vivo и является потенциальным пробиотиком антиоксидантного действия. Механизмы, определяющие ответ штамма на окислительный стресс, мало изучены. Задачей данной работы было исследовать реакцию штамма L. brevis 47f на окислительный стресс, вызванный перекисью водорода и кислородом, методом количественного протеомного анализа. При действии обоих оксидантов жизнеспособность клеток штамма практически не менялась, однако оба оксиданта вызывали значительное, но разное изменение экспрессии белков штамма. Кислород оказывал более сильное действие на штамм, чем перекись водорода. При действии перекиси в основном активизировались белки стрессового ответа, при действии кислорода происходили значительные изменения метаболизма.

29 0

Актинобактерии рода <I>Streptomyces</I> – резервуар генов аминогликозидацетилтрансфераз

Номер выпуска 4 от 01.04.2025

Отсутствие успехов в борьбе с распространением множественной лекарственной устойчивости у патогенных бактерий заставляет научное сообщество на новом уровне знаний анализировать механизмы, пути распространения и природные резервуары, содержащие бактерии, которые являются носителями генов устойчивости к антибиотикам. Классическим механизмом устойчивости к аминогликозидным антибиотикам (АГ) является модификация АГ ферментами, наиболее распространенными и клинически значимыми из них являются аминогликозидацетилтрансферазы (ААС). В рамках данного исследования в секвенированных геномах штаммов Streptomyces – продуцентов АГ, выявлены гены, кодирующие ферменты, относящиеся к подсемействам AAC(2'), AAC(3), AAC(6') и Eis. Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей показал, что ближайшими гомологами для выявленных ААС являются ацетилтрансферазы других видов актинобактерий рода Streptomyces, не продуцирующих АГ (продуцентов других классов антибиотиков или не являющихся продуцентами антибиотиков). Сравнительный филогенетический анализ аминокислотных последовательностей показал, что ферменты AAC(2′) и Eis являются гомологами ацетилтрансфераз AAC(2′)-I и Eis, идентифицированных ранее у микобактерий. Обсуждается возможная роль ацетилтрансфераз Eis в ацетилировании различных субстратов при попадании в организм человека через содержащие их везикулы.

36 0